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두 호 이상을 차지하는 경우 핵심 스토리 아크로 분류, 단일 호로 끝나는 경우 단편 에피소드로 분류한다.

[목차]
==  발행 목록 ==
=== 핵심 스토리 아크 ===
==== The Return of Queen Chrysalis ====
'''에피소드 1~4호'''
크리살리스가 다시 출몰하여 CMC를 납치하고 주인공들을 협박한다.

==== Nightmare Rarity ====
'''에피소드 5~8호'''
루나를 타락시켰던 기운이 [[레리티|누군가]]를 덮쳐...

특히 6호는 발간되자마자 [[레리티#s-2.5|충격과 공포]]를 불러 일으켰다.

==== Zen and the Art of Gazebo Repair ====
'''에피소드 9~10호'''
건물을 수리할 못을 구하려는 빅 매킨토시의 대장정. ~~마이 리틀 빅 맥: 하렘은 마법~~ ~~히로인으로 플릿풋, 티러브, 치어릴리, '''루나 공주''', 제코라, 스위트크림 스쿱스... 그 외에도 '''더 있다.'''~~

==== Neigh Anything ====
'''에피소드 11~12호'''
케이던스와 샤이닝 아머의 풋풋한 러브스토리.

==== My Little Pirates: Friendship Ahoy ====
'''에피소드 13~14호'''
후프비어드 선장(Captain Hoofbeard)이라는 전설적인 해적의 선원이 된 주인공들의 모험.

13호부터 [[트와일라잇 스파클]]은 공주로서 날개가 달린 모습으로 등장한다.

==== 6th Story Ark ====
'''에피소드 15~16호'''
트와일라잇의 도서관에 [[책벌레]]가 들이닥친다. 소설 속을 여행하는 주인공들과 현실에 나타난 소설 속 캐릭터들.

공식적으로 스토리 아크에 이름이 붙어있지 않다.

==== Reflections ====
'''에피소드 17~20호'''
거울 건너편 반전된 세계.~~[[아치판 소닉 코믹스 시리즈|소닉 아치 코믹스]]에서 비슷한 거 한 번 봤는데~~

==== Manehatten Mysteries ====
'''에피소드 21~22호'''
전설적인 도둑 러프 다이아몬드(Rough Diamond)에 의해 누명을 쓴 [[트릭시(Friendship is Magic)|트릭시]]와 [[애플잭(Friendship is Magic)|애플잭]] [[레리티|일]][[플러터샤이|행]][[애플블룸|들]][[뱁스 시드|의]] 추적기.

==== The Good, the Bad, and the Ponies ====
'''에피소드 25~26호'''
황소 갱단에게 위협받는 [[애플잭(Friendship is Magic)|애플잭]]의 친척들을 구하기 위해 나선 메인 6.
스토리 아크의 이름은 누가 봐도 [[석양의 무법자]]의 패러디이다.

==== The Root of the Problem ====
'''에피소드 27~28호'''
에버프리 숲이 다시 한 번 폭주한다. 그 이유는 자연을 숭상하며 엘프마냥 왕국을 세워 살아가던 사슴들의 영지가 미노타우로스들에게 재개발되어 놀이공원이 될 위기에 처한 것. 이에 메인 6는 행동에 나선다. [* 작중에서 인부로 일하던 포니들을 제외해도, 미노타우로스들과 합세해 일을 벌인 주동자 포니가 어스 포니다. 이 녀석은 나중에 몰래 도망가려다 핑키 센스에 걸려 걷어차여 저 하늘로 날아간다.]

==== Ponyville Days ====
'''에피소드 30~31호'''
포니빌의 역사를 두고 포니들이 두 패로 나뉘어 싸우는 에피소드. 래리티의 가게가 사실 포니빌의 첫 상점 터에 세워졌다는 설정이 등장한다.

==== Night of the Living Apples ====
'''에피소드 32~33호'''
스토리 아크 이름은 [[살아있는 시체들의 밤]]의 패러디이다. 호러 컨셉의 스토리.
사과들이 살아 움직여서 공격한다는 막장급 스토리와 더불어서 본편에서 떡밥만 남긴 박쥐 플러터샤이(Flutterbat)의 귀환이 일어났다.

==== Siege of the Crystal Empire ====
'''에피소드 34~37호'''
크리스탈 왕국에 봉인되어 있던 움브룸들이 다시 날뛰기 시작하고, 천 년 전 행방불명되었던 래디언트 호프와 [[솜브라 대왕]]이 재회한다.

==== Don't You Forget About Us ====
'''에피소드 38~39호'''
CMC 에피소드. 다이아몬드 티아라와의 관계 개선 직전까지 가지만 TV판 본편 전개를 위해 결국 무산되었다(...)

==== Ponies of Dark Water ====
'''에피소드 43~45호'''

==== Election ====
'''에피소드 46~47호'''
포니빌 시장 선거가 치러지는 에피소드.

==== Chaos Theory ====
'''에피소드 48~50호'''
디스코드의 질서 버전인 어코드가 등장하는 에피소드.

==== From the Shadows ====
'''에피소드 51~53호'''

==== Wings Over Yakyakistan ====
'''에피소드 55~56호'''

==== Convocation of the Creatures! ====
'''에피소드 61~62호'''

==== Tempest's Tale ====
'''에피소드 67~68호'''
극장판 등장포니인 템페스트가 주역으로 등장하는 에피소드.

==== Cosmos ====
'''에피소드 75~78호'''

==== The Fast and the Furriest ====
'''에피소드 87~88호'''
스토리 아크의 이름은 [[분노의 질주]]의 패러디이다.

==== Farasian Shores ====
'''에피소드 89~92호'''
TV 본편 종영 이후의 이야기를 다루는 시즌 10의 첫 스토리 아크이다. 시즌 10 자체가 TV판에서 등장했지만 자세한 설명이 없었던 이종족 캐릭터들을 다루는 내용으로 진행되는데, 그 첫 타자로 제코라의 과거와 그녀의 고향인 파라시(Farasi)를 다루는 내용이다.
에피소드 말미에 파라시 지방의 '''[[조화의 나무]]'''가 등장하면서 팬들을 대혼란으로 몰고 갔으며, 이후 다른 지역의 조화의 나무[* 연간 특별편에서 다이아몬드 독스 왕국의 조화의 나무가 등장했다.]가 등장하기 시작하면서 시즌 10의 앞으로의 향방에 많은 팬들이 관심을 쏟고 있다.

==== Something There That Wasn't There Before ====
'''에피소드 94~95호'''
핑키 파이와 치즈 샌드위치의 관계를 다루는 내용이다. 단순히 친구 수준이었던 핑키 파이와 치즈 샌드위치의 관계가 본격적으로 연애로 발전하려는 낌새가 보이는데, 본편 최종화에서 둘이 결혼한 걸 보면 당연한 수순일지도.
한편으로는 이퀘스트리아의 지도자로서 적응해나가는 트와일라잇의 모습도 확인할 수 있다.

==== Abyssinians ====
'''에피소드 96~97호'''
Farasian Shores 아크에 이어 이번에는 극장판에 등장한 캐퍼(Capper)의 과거와 그의 고향인 어비시니아(Abyssinia)를 다룬다. 참고로 어비시니아의 경우 TV 본편에서 딱 한번 노래가사로 언급된 적이 있다[* 시즌 4 에피소드 11. 디스코드의 노래에서 이름만 등장한다.].

==== 불명 ====
'''에피소드 100호~'''
대망의 에피소드 100호로 시작되는 스토리 아크. 이번엔 역시 극장판에 등장했던 셀라에노 선장(Captain Celaeno)의 과거와 그녀의 고향인 새 왕국(Bird Kingdom)에 대해 다룰 예정이다. 한편, 예고에 의하면 연간 특별편에서 언급된 조화의 기사들에 대한 내용도 나올 예정이다.

=== 단편 에피소드 ===
==== 23~24호 ====
'''23호'''
사라진 [[플러터샤이]]를 찾기 위해 동분서주하는 엔젤.

'''24호'''
고대 동물을 보여주려 나선 [[디스코드]]와 거기에 휘말린 [[플러터샤이]]와 [[큐티 마크 크루세이더]]의 이야기.

==== 29호 ====
오랫동안 떨어져 지낸 [[치어릴리]]의 쌍둥이 동생 체리 블로섬, 수수께끼의 레슬러인 미스터리 메어로 잘나갔지만 언니와 말다툼하다 부상을 당하고 치어릴리는 대타로 레슬러 대회에 출전한다.

==== 40~42호 ====
==== 54호 ====
==== 57~60호 ====
==== 63~66호 ====
==== 69~74호 ====
==== 79~86호 ====
==== 93호 ====
==== 98호~99호 ====
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