슈퍼 메가 베이스볼 3

전작까지는 견제구 시스템이 없어서 공격측에서 도루 시도를 할 때 수비는 공을 던진 후 포수 송구로 잡아야만 했는데, 포수의 송구 능력치와 투수의 구속 능력치가 낮으면 자동문이 되는 문제가 있었다. 이 시스템이 추가되면서 주자를 효율적으로 묶을 수 있게 되었으며, 공격 측에서도 전작 처럼 미리 도루 커맨드 누르고 와인드업 이후에 뛰는 방식이 사라지고 도루 커맨드를 누르면 와인드업 상관없이 뛰어버리기 때문에 전작 도루 시스템 익숙해진 플레이어들의 주의를 요한다.

1과 2에서는 지명타자가 없는 룰을 따랐지만 이번에는 지명타자가 있다. 팀을 만들 때는 설정이 안 되나, 리그 커스터마이즈나 퀵플레이에서 설정 가능하다. 컨퍼런스 단위[1]로 설정이 가능하며, 디비전 범위[2]에서는 설정이 불가능하다. 퀵매치는 경기 전에 설정 가능. 다만 로스터의 총원 타자 13명 투수 8명인 것은 변함이 없어서 백업 활용 시 주의를 해야한다.

전작에 있던 10개(DLC 포함)에 새로운 경기장이 4개 추가되어 총 14개 경기장을 선택할 수 있다. 추가된 경기장은 파운더스 필드, 빅스카이 볼파크, 라파옛 코너, 호랑이의 집[3] 이며, 호랑이의 집 구장은 설정한 한국의 구장으로 설정되어 한글 광고가 눈에 띄는게 특징.[4] 근데 이 게임은 한국어 미지원이다. 물론 일본 구장도 2개 있지만 일본어도 지원되는게 아니다. 또한 구장마다 시간대나 기상 상태가 고정된 전작과는 달리 이번에는 임의로 지정되며, 퀵매치에서는 직접 정할 수 있다.

전작까지 선발(SP) 4명, 중간계투(RP) 3명, 마무리(CP) 1명으로 고정 구성된 투수진으로 투수 운용이 자유롭지 못하였으나, 선발과 중간계투를 모두 할 수 있는 SP/RP 포지션을 추가 하여, 선발 투수처럼 구종을 5개 이상 배치할 수 있고, 계투 부족으로 선발 투입시 능력치 패널티를 없애면서 고질적인 문제인 투수 운용을 한 숨 돌릴 수 있게 되었다. 단, 해당 포지션은 선발에 비해 체력 수치가 낮으므로 선발 활용 시 주의가 필요하다.

마구마구 처럼 선수마다 잠재력이 추가가 되었는데, 최대 2개까지 지정이 가능하며, 발동시 능력치가 상승되는 잠재력은 녹색, 발동시 능력치가 감소하는 잠재력은 빨간색으로 표시 하였다.

커스텀시 18세 부터 49세까지 나이를 설정 할 수 있다. 딱 한 살만 더 늘려주지

커스텀 팀을 제외한 기본 팀 선수 등장 및 등판시 장내아나운서가 선수명을 호명해준다.

기존에 투수가 강습 타구에 맞고 쓰러지면서 부상상태에 빠지는 모션을 다양화 하여, 피격 부위별로 모션을 다양화 되었는데 투수의 급소를 피격 하는 것도 가능하다. (...) 급소에 피격시 급소부분을 가리고 고통스러워하며 쓰러진다. 이 경우 부상은 입지 않으나 남자 선수의 경우 MOJO수치가 감소된다.

새 모드인 프랜차이즈 모드가 추가되었다.

커스텀 팀으로는 포인트 경쟁을 하지 못하게 되었다. 양학팀을 만들어서 포인트 부풀리는 걸 방지하려는 차원으로 보인다.