1기생은 초기 공연 선발 16인과 선발이 아닌 6인으로 나뉘어져 있었는데, 이 공연 선발 16인이 팀 S가 되었다. 당시 홈페이지 프로필 메뉴에도 '공연 선발'과 '연구생'으로 나누어놓았는데 공연 선발 16명은 연구생을 거치지 않고 팀 S를 바로 결성했다고 볼 수 있다. 2기생은 팀 KⅡ 후보생이라는 이름으로 등장, 16명이 연구생을 거치지 않고 바로 팀 KⅡ를 결성하였고 나머지 멤버들은 연구생이 되었다. 3기생부터는 모든 멤버가 일단 연구생에서 출발해서 정규 멤버로 승격하는 시스템이 확립되었다. 3기생은 각 팀으로 쪼개져서 승격했으며, 4기생을 주축으로 한 팀 E는 2010년 연말 결성되었다.
2012년 8월 기준으로 팀 S에 공석이 세 자리, KⅡ에 한 자리, E에 세 자리나 생겼지만 빈 자리는 메꿔지지 않고 있다. 공석이 공석으로 남아있는 시간이 길어질수록 연구생들은 그저 초조할뿐. 참고로 SKE 측은 2012년 8월 신곡 발표시 선발 중 2명(마츠무라 카오리, 스가 나나코)을 연구생으로 채우는 실험을 단행했다. 문제는 AKB도 2012년 6월을 기점으로 팀 A에서 공석문제가 서서히 대두되고 있는 중.
2012년 8월 24일 키타하라 리에의 SKE48 겸임이 발표되었다.느낌상 왠지 아이치현이라는 이유인 거 같다 조만간 한 자리 메꾸게 될 듯 했으나...
2012년 8월 29일 원래 KⅡ 멤버였다가 강등당했던 키토 모모나, 이구치 시오리, 우치야마 미코토, 사이토 마키코가 다시 승격을 했고, 5기중에서는 스가 나나코, 후루하타 나오가 승격을 했다. 이로서 팀 S는 15명, 팀 KⅡ는 16명, 팀 E는 16명이 되었다. 팀 S의 나머지 한 자리는 겸임 멤버 키타하라 리에가 차지했다. 5기생 에이스였던 후루하타 나오가 승격하면서 팀 E는 상당한 동력을 얻었다.
2012년 연말부터 2013년 연초에 걸쳐서 10여 명의 멤버들이 한꺼번에 졸업을 하였다. 이에 따라 2013년 4월 13일 가이시홀에서 열린 'SKE48 봄 콘서트 2013' 첫날 공연에서 팀 개편을 발표했다. 4월 25일 'AKB48 그룹 임시총회' 첫날 공연에서 팀 개편 이후 첫 퍼포먼스를 선보였다. 4월 28일 2013 봄 인사이동에는 오오바 미나의 팀 KⅡ 겸임이 발표되었다.(키타하라 리에의 겸임 활동은 종료되었다.)