'시노비가쿠레 성의 주군은...공룡!?' 라스트 닌자 요시타카가 내놓은 여름방학 과제. 그것은 시노비가쿠레 성(닌자비밀성)의 주군을 구하고 시노비가쿠레 마을(닌자비밀 마을)에 LOVE & PEACE를 가져오는 것. 그러나 구해내야 할 주군, 핫카쿠 타츠노스케는 타타리로 인하여 공룡의 모습으로 변해 있었다. 키바오니 군단의 사무라이 대장 유미하리 쥬자가 추구하는 전설의 "악한 용"이란 공룡 주군이 된 타츠노스케를 말하는 것인가? 이윽고 출현한 강대한 힘의 앞에 닌닌저는 절체절명의 위기에 빠진다...!